구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항이 정한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식의 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’(=취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가) 및 취득일로부터 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 아니하였다는 이유로 직전연도의 기준시가를 적용하여야 하는지 여부(소극)

대법원 2013.1.31. 선고 2012두8588 판결 【양도소득세경정거부처분취소】
구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항, 제4항, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 (나)목, 소득세법 시행령 제164조 제3항 규정의 내용을 바탕으로, 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항에서 말하는 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식 ‘양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ (이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)는 전체 양도소득금액을 ‘취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득일과 양도일 및 취득일로부터 5년이 되는 날의 각 기준시가는 각 시점이 속하는 연도의 기준시가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득일 또는 양도일에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 기준시가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 취득일로부터 5년이 되는 날에는 그 연도의 기준시가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 기준시가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대 적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식의 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’는 취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가를 적용하는 것이 타당하고, 취득일로부터 5년이 되는 날에 그 연도의 기준시가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 기준시가를 적용할 것은 아니다.